Фонд «Вольное Дело» с 2004 года осуществляет поддержку Фанагорийской комплексной археологической экспедиции, которую совместно реализуют Институт археологии и Институт всеобщей истории Российской академии наук (РАН).

На территории археологического памятника создан Научно-культурный центр (открыт в 2012 году), который включает в себя историко-археологический музей, библиотеку, лаборатории и необходимую инфраструктуру для глубокого и всестороннего изучения историко-культурного наследия Кубани.

Фанагория внесена в «Книгу рекордов России» как самый большой памятник античной эпохи в России. Ее городище и некрополь, включающий в себя около 600 курганов, занимают около 900 га. Фанагория была основана в середине VI века до н.э. греческими переселенцами, долгое время была одной из двух столиц древнейшего государственного образования на территории России – Боспорского царства. Город расположен на берегу Таманского залива между современными поселками Сенной и Приморский. Фанагория просуществовала более 1500 лет – примерно до X века н.э., когда ее жители покинули город по невыясненным причинам.

Первые, несистемные, раскопки в Фанагории начались в ХVIII веке. С 1936 года (с перерывом во время Великой Отечественной войны) ведутся регулярные научные исследования, но город все еще остается малоизученным - прежде всего, из-за масштабности самого объекта, на территории которого с Х века н.э. не велось никакого строительства. Именно поэтому Фанагория является уникальным хранилищем культурных, исторических и материальных ценностей. Около трети площади города находится под водой.

Масштабные работы ведутся на территории городского акрополя, некрополя, в акватории затопленной части памятника, а также на территории окружавших город усадеб – за прошедшие 8 лет общая площадь раскопок составила свыше 7000 кв. м. К настоящему моменту исследовано всего около 2% территории города. Работать здесь можно еще долгие годы – толщина культурного слоя составляет 7 м.

Сделанные в курганах Фанагории выдающиеся находки хранятся сегодня в лучших музеях страны и мира - таких как Эрмитаж, Государственный музей изобразительных искусств им. А.С.Пушкина, музеи Великобритании, Германии и других стран.

Результаты работы экспедиции были представлены на крупнейших мировых научных форумах в Германии, Франции, Дании, Греции, США и др. В 2009 году открытие дворца Митридата VI было включено в список 10 самых выдающихся археологических находок мира по версии журнала Archaeology (США).

18 апреля 2014 года премьер-министр России Дмитрий Медведев подписал распоряжение о создании государственного историко-археологического музея-заповедника «Фанагория». Директором создаваемого музея был назначен руководитель экспедиции, заведующий отделом классической археологии Института археологии РАН, профессор Владимир Кузнецов.